疑似或確診之COVID-19個案，若患者到院前即已死亡，但經醫師評估後研判符合嚴重特殊傳染性肺炎病例定義並通報，若有特殊原因未能火化時，應報請地方主管機關核准後，依規定深埋。
處理疑似或確診之COVID-19個案遺體時，相關工作人員應採取感染管制措施？依傳染病防治法第50條規定，死者家屬對於經確認染患第一類傳染病之遺體應於二十四小時內，染患第五類傳染病之遺體應於中央主管機關公告之期限內入殮並火化。
目前中央主管機關對於COVID-19個案遺體雖未訂有明確火化期限，依醫療法施行細則第53條，醫院對於就診途中死亡者，應參考原診治醫院、診所之病歷記載內容，於檢驗遺體後，開立死亡證明書。
工作人員（包含醫護工作人員、協助將屍體裝入屍袋之禮儀人員等）應穿戴個人防護裝備，包括高效過濾口罩、拋棄式防水長袖隔離衣和手套等，並於脫除後執行手部衛生；同時可採取適當的面部防護（例如護目鏡或面罩），以防受到噴濺。醫院應提供相關工作人員有適當之個人防護裝備。
若醫師懷疑非病死或可疑為非病死者，應依醫師法第16條報請檢察機關相驗，之後醫院可先將遺體運送至醫院設置之太平間或由家屬委託之殯葬禮儀服務業者運送至殯儀館等候相驗，並應先告知太平間/殯儀館之工作人員相關之生物危害風險。
醫院太平間或殯儀業者應依據傳染病防治法第36條協助法定傳染病個案遺體之處理，若有規避、拒絕、或妨礙時，可視情況依同法第70條裁處之。
COVID-19但依傳染病防治法實施細則第13條規定，對於疑似第五類傳染病患者之遺體，應儘速處理。故仍建議應儘速火化為宜。
由於剛過世病人仍可能從肺部排出少量空氣、病房環境或屍體表面可能有受污染，而有導致感染的微量風險，所以屍體移至推床運送到太平間的過程中，應使用完全密封於非滲透性的雙層屍袋，屍體裝入第一層屍袋後，屍袋表面先以1：10的稀釋漂白水（5,000ppm）抹拭，再套入第二層屍袋後，以1：10的稀釋漂白水（5,000ppm）抹拭屍袋外側，並應慎防體液滲漏，屍袋外側應保持清潔。
遺體裝入屍袋後，不可再打開屍袋，且應依傳染病防治法規定儘速火化或報請地方主管機關核准深埋。為減少風險，建議於醫院或接體車上入殮封棺後逕送火化場火化。
由於屍體已使用非滲透性的雙層屍袋完全密封，屍袋外側屬清潔區域，不具感染性。因此，殯儀館或火葬場工作人員處理該遺體殯葬服務時，應以常規方式處理，穿著工作服，佩戴口罩及手套。
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